A linha de pesquisa em Sistema Agroecológico de Produção Animal permite indicar práticas sustentáveis agropecuárias nos lotes das comunidades/propriedades rurais e nos quintais produtivos, que são, segundo Gazel Filho (2008), as pequenas áreas ao redor das casas, em que as mulheres produzem hortaliças, frutas e ervas medicinais e condimentares, integrado ou podendo integrar com a criação de bovinos, caprinos, suínos, ovinos e aves, utilizando os recursos produtivos disponíveis em seus lotes e ratificando a sustentabilidade da agricultura familiar.

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O NEA/IFS já desenvolveu, dentro desta linha de pesquisa, dois projetos: (a) Estudo da produção artesanal de derivados do leite fabricados no semiárido sergipano; e (b) Criação agroecológica de galinha de capoeira: fortalecimento da agricultura familiar e empoderamento de mulheres e jovens em comunidades rurais de Sergipe.